Le problème avec le transistor, c'est que tu n'isoles absolument pas l'appareil qui envoie le trig de celui qui le reçoit, puisque tu es obligé d'avoir une masse commune ou un +V commun. Si tes instruments ne sont pas sur la même alim, ou si tes moyens d'alim sont variés (pile, secteur, alim symétrique, biasée, etc.), tu cours d'éventuels problèmes à mettre une alim en contact avec une autre. Pour info, j'ai déjà relevé une différence de potentiel de 50V entre le - d'un transfo 9v et la terre... En électronique comme en informatique, il est de coutume de ne pas faire confiance aux autres maillons de la chaîne.
L'avantage des interrupteurs genre 4066, c'est qu'ils sont faits pour cet usage (ce sont quasiment des relais, si on omet un Ron de 300 ohms), et que l'isolation est bien meilleure qu'avec un transistor. Tu peux faire encore mieux avec un optocoupleur (4n28 par exemple); c'est un composant qui est d'ailleurs systématiquement utilisé pour isoler deux appareils reliés par un câble midi (du côté de l'entrée). Par contre les optos nécessitent un peu plus de composants pour les mettre en œuvre.