Le MEN abrite quelque 30 000 objets dont plus de la moitié est représentée par les collections africaines: Afrique orientale et du Sud; Angola des années 30; Sahara et Sahel (Touaregs et Maures); Gabon. Il conserve aussi des fonds asiatique, esquimau et océanien, des instruments de musique extra-européens et des pièces d'Egypte ancienne.